Афтокефалната МПЦ, досега ја раководеле пет поглавари.
Актуелниот архиепископ охридски и македонски, г.г. Стефан, е петтиот поглавар на автокефалната МПЦ. Нејзин прв поглавар беше г.г. Доситеј – од 1958 година до неговата смрт во 1981 година. Под негово раководство е свикан Третиот-црковно народен собир, на кој МПЦ во 1967 година е прогласена за автокефална. Покрај внатрешното организирање на црквата, активно бил посветен на канонско признавање на МПЦ од страна на СПЦ, што до денес не е постигнато. За негов наследник е избран г.г. Ангелариј, кој на таа функција не помина повеќе од пет години (1981-1986). На 15 јуни 1986 година настрада во сообраќајна несреќа во Дреновската клисура. По смртта на г.г. Ангелариј, за трет поглавар на МПЦ е избран г.г. Гаврил, кој во 1993 година (на 81-годишна возраст) се повлече од функцијата поради старост и кревко здравје. Почина три години подоцна, во 1996 година. Неговиот наследник, г.г. Михаил беше четвриот поглавар на МПЦ – од декември 1993 година до неговата смрт во јули 1999 година, по што за нов поглавар на МПЦ е избран г.г. Стефан.